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極小種群野生植物保護(hù)與利用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)成功解析茶果樟的全基因組
茶果樟(Cinnamomum chago B.S. Sun et H.L. Zhao)是受?chē)?guó)家II級(jí)重點(diǎn)保護(hù)的極小種群野生植物，僅分布于云南省漾濞縣和云龍縣等地。茶果樟的果實(shí)被當(dāng)?shù)厝朔Q(chēng)為“茶果”，具有清熱明目功效，常炒熟后在市場(chǎng)上售賣(mài)，是深受當(dāng)?shù)厝讼矏?ài)的“堅(jiān)果”，有悠久的利用歷史。研究還顯示，茶果樟的果實(shí)含有大量月桂酸和癸酸，具有工業(yè)利用潛力;其樹(shù)形優(yōu)美，木材質(zhì)地堅(jiān)硬、有香味，是極具開(kāi)發(fā)前景的園林綠化和材用樹(shù)種。此外，《中國(guó)植物志》將中國(guó)樟屬植物分為樟組(Sect. Camphora)和肉桂組(Sect. Cinnamomum)，茶果樟形態(tài)、解剖和分子都介于樟組和肉桂組之間，其系統(tǒng)發(fā)育位置特殊，具有重要的科學(xué)研究?jī)r(jià)值。
近日，為開(kāi)展茶果樟遺傳資源的精準(zhǔn)保護(hù)和特色資源的發(fā)掘利用，依托中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所的云南省極小種群野生植物保護(hù)與利用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)基于HiFi三代測(cè)序、全基因組和轉(zhuǎn)錄組ONT測(cè)序、Hi-C、二代全基因組和二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等技術(shù)，對(duì)茶果樟進(jìn)行了測(cè)序、組裝和注釋?zhuān)@得染色體水平高質(zhì)量全基因組。其基因組大小為1.06Gb，contig N50長(zhǎng)度92.10Mb，約99.92%的組裝序列可以定位到12條染色體上(2n=24)，組裝結(jié)果僅1個(gè)gap，同時(shí)共注釋發(fā)現(xiàn)30497個(gè)基因，其中28681個(gè)基因?yàn)榈鞍踪|(zhì)編碼基因。
基于本研究結(jié)果，團(tuán)隊(duì)在國(guó)際期刊Scientific Data在線(xiàn)發(fā)表了題為 “Chromosome-level genome assembly of the threatened resource plant Cinnamomum chago”的研究論文，團(tuán)隊(duì)博士研究生陶麗丹和郭世偉為共同第一作者，孫衛(wèi)邦研究員為論文的通訊作者。本研究獲得第二次青藏高原綜合科學(xué)考察研究項(xiàng)目(2019QZKK0502)、云南省野生動(dòng)植物保護(hù)項(xiàng)目(2021SJ14X-10)和國(guó)家科技基礎(chǔ)資源調(diào)查專(zhuān)項(xiàng)項(xiàng)目(2017FY100100)的資助。
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